El principal objetivo de la CONIC es impulsar y promover el desarrollo integral, sostenible y autogestionario a nivel nacional, con énfasis al pueblo maya, a través de la promoción y el fortalecimiento de la organización, construyendo el poder local de las comunidades y de las nacionalidades mayas e indígenas. 

Los otros tres objetivos de la institución, en segundo plano, son: fortalecer la organización de la CONIC, obtener y recuperar la madre tierra y contribuir al desarrollo de un modelo económico y productivo viable para garantizar el desarrollo sostenible.